Nach dem Ausscheiden des bisherigen Ordinariatskanzlers, Militärerzdekan Msgr. Mag. Johann Ellenhuber,  aus dem aktiven Dienst in der Militärseelsorge, hat Militärbischof Werner den Leiter des Instituts für Religion und Frieden, Bischofsvikar Msgr. Dr. Werner Freistetter zum Kanzler des Militärordinariats der Republik Österreich bestellt. Msgr. Dr. Freistetter tritt seinen Dienst in dieser Funktion am 1. September 2010 an.

Bischofsvikar Msgr. Dr. Werner Freistetter wurde 1953 in Linz als Sohn eines hochrangigen österreichischen Offiziers geboren. Nach seinem Präsenzdienst als Einjährig-Freiwilliger studierte er in Wien und Rom Theologie und wurde 1979 in Rom zum Priester geweiht. 1993 folgte die Promotion zum Doktor der Theologie. Neben seiner Tätigkeit als Seelsorger in Wiener Pfarren war er von 1985 bis 1996 Assistent am Institut für Ethik und Sozialwissenschaften der Universität Wien. Von 1993 bis 1997 war er am Päpstlichen Rat für die Kultur in Rom tätig.

Nachdem Werner Freistetter bereits 1984/85 als Militärseelsorger am Golan Dienst versehen hatte, wurde er 1997 von Militärbischof Mag. Christian Werner zum Leiter des neu gegründeten Instituts für Religion und Frieden bestellt. Über Jahre hindurch war er auch für die Vertretung des Heiligen Stuhls bei der OSZE in Wien tätig.

Im März 2006 ernannte ihn Militärbischof Werner zum Bischofsvikar für Wissenschaft und Forschung, theologische Grundsatzfragen und internationale Beziehungen. Überdies wirkt Msgr. Dr. Freistetter seit 2005 bei der Internationalen katholischen Soldatenorganisation AMI als geistlicher Assistent mit.

Dr. Werner Freistetter war als Autor an zahlreichen Publikationen beteiligt und hält wiederholt Vorträge im In- und Ausland.