Der Einmarsch ...
... deutscher Truppen am 13. März 1938 und die Volksabstimmung am 10. April 1938 bedeuteten das Ende Österreichs. Die "Gaue" der nunmehrigen "Ostmark" waren nun bis nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges konkordatsfreier Raum, da Deutschland das Konkordat mit Österreich nicht anerkannte. Die Verhandlungen der österreichischen Bischöfe mit den deutschen Stellen über die rechtliche Stellung der Kirche wurden am 7. September 1938 ergebnislos abgebrochen.
Militärprovikar Prälat Allmer mußte den Militärgeistlichen mitteilen, daß das Amt des Militärvikars erloschen sei. Fürstbischof Dr. Ferdinand Pawlikowski wurde mit drei weiteren Militärgeistlichen - die gleichfalls als "untragbar" angesehen wurden - beurlaubt. Der Fürstbischof wurde dann als einziger österreichischer Bischof - wenn auch nur für einen Tag, verhaftet. Er blieb von den deutschen Behörden weiterhin bedroht, und es wurde ihm seine Verurteilung für die Zeit "nach dem endgültigen Sieg" in Aussicht gestellt.
Für die österreichischen katholischen Soldaten, die in der deutschen Wehrmacht dienten, waren nun der Katholische Feldbischof in Berlin, Dr. Franz Justus Rarkowsky und sein Feldgeneralvikar Georg Werthmann zuständig. Mit 1. November 1938 wurden 14 österreichische Militärseelsorger als Wehrmachtsgeistliche übernommen. Auch wenn zwischen 1938 bis 1945 Österreich nicht bestand, so seien einige Hinweise auf die Militärseelsorge in diesem Zeitraum gegeben, dienten doch viele Österreicher in der Deutschen Wehrmacht und einige von ihnen auch als Seelsorger.
Die Militärseelsorge in der Reichswehr und in der späteren Deutschen Wehrmacht gründete auf dem Konkordat von 1933. Mit dem Apostolischen Breve vom 19. September 1935 wurden die Statuten der katholischen Wehrmachtsseelsorge verfügt. 1935 gab es Militärgeistliche auf Ebene der Heeresgruppen-Kommanden, der Armeeoberkommanden und der Divisionskommanden. Daneben gab es (einige wenige) hauptamtliche Standortpfarrer und mehrheitlich nebenamtliche Standortpfarrer. Ab 1934 gab es einen evangelischen Feldbischof - der oberste katholische Feldgeistliche führte die Bezeichnung Feldpropst. Erst mit der Ernennung des Heeresoberpfarrers
Dr. Franz Justus Rarkowsky zum Katholischen Feldbischof am 20. Februar 1938 gab es einen katholischen Feldbischof.
Dr. Rarkowsky war Titularbischof, er hatte aber nicht das Vertrauen der anderen Bischöfe und hatte weder Sitz noch Stimme in der Deutschen Bischofskonferenz. Anerkannt war hingegen sein Feldgeneralvikar, Prälat Georg Werthmann, der dann von 1955 bis 1962 der erste Militärgeneralvikar der Deutschen Bundeswehr wurde. Er starb im Jahr 1980.
Wehrmachtsgeistliche gab es bei Heer und Marine - nicht aber bei der Luftwaffe. 1939 gab es 93 hauptamtliche und 215 nebenamtliche katholische Wehrmachtsgeistliche, die dienstrechtlich Wehrmachtsbeamte waren. Sie taten zumeist auf Ebene der Division, als Standortpfarrer oder bei größeren Einheiten der Marine Dienst und teilten das Schicksal der ihnen anvertrauten Soldaten.
Die Haltung des NS-Regimes gegenüber der Kirche wurde im Laufe der Jahre zunehmend härter. Heute wissen wir, daß bereits 1939 Adolf Hitler in einer Rede über die Vernichtung der Kirchen nach dem "Endsieg" sprach. Dies wirkte sich natürlich auch auf die Wehrmachtsseelsorge aus. Ein Geheimerlaß des Oberbefehlshabers der Luftwaffe vom 23. November 1939 machte die Seelsorge in der Luftwaffe praktisch unmöglich. Die seelsorgliche Betreuung erfolgte fast ausschließlich außerhalb des Dienstes durch die Standortpfarrer. Ab 1942 gab es zunehmend restriktive Maßnahmen durch das Reichskirchenministerium und das Oberkommando der Wehrmacht.
Nach dem Krieg wurde in Österreich wahrscheinlich Divisonspfarrer Msgr. Alois Beck - vor allem durch seine Vorträge über die Schlacht von Stalingrad - am bekanntesten. Er war nach dem Krieg bemüht, das Schicksal gefallener und vermißter Soldaten aufzuklären. Msgr. Beck verstand sich als Mahner gegen den Krieg und leitete auch mehrfach Pilgerfahrten nach Israel. Oberstudienrat Msgr. Alois Beck verstarb im Jänner 1996 im 83. Lebensjahr.