1986 bis 1994
 
Am 12. November 1986 ernannte Papst Johannes Paul II. den bisherigen Sekretär der österreichischen Bischofskonferenz, Prälat Dr. Alfred Kostelecky, zum ersten Militärbischof von Österreich. Mit der feierlichen Weihe von Prälat Dr. Kostelecky am 14. Dezember 1986 im Dom zu Stephan in Wien durch Erzbischof Dr. Hans Hermann Kardinal Groer zum Bischof begann ein neues Kapitel in der Geschichte der österreichischen Militärseelsorge.

Mit Antritt seines Amtes als Militärbischof von Österreich begann Dr. Kostelecky das Gesicht der "10. Diözese" schrittweise zu verändern. Der bisherige Militärprovikar Mag. Franz Gruber wurde der erste Generalvikar des Militärbischofs. Nach seinem Übertritt in den Ruhestand mit 31. Dezember 1986 wurde Militärdekan Josef Leban, bisher Militärpfarrer von WIEN, mit 1. Jänner 1987 zu seinem Nachfolger bestellt.

Am 15. April des Jahres 1987 wurde das Militärvikariat in Militärordinariat umbenannt und es wurden durch den nunmehrigen Militärordinarius die für die Verwaltung der Diözese notwendigen Organe und Räte gebildet. Soweit es sich um Funktionen handelte, die durch Laien wahrzunehmen waren, zog der Militärbischof hiefür in erster Linie Angehörige der Arbeitsgemeinschaft Katholischer Soldaten (AKS) heran.

Es galt nun in einer möglichst kurzen Zeit die durch die neue kirchenrechtliche Situation notwendig gewordenen Maßnahmen zu setzen. Zudem waren auch eine Reihe von Personalmaßnahmen vorzubereiten und einzuleiten, um die bereits bestehende Struktur der Militärseelsorge aufrechtzuerhalten und womöglich zu verdichten.

Als Militärgeneralvikar Josef Leban nach langer Krankheit am 3. August 1989 starb, ernannte Militärbischof Dr. Kostelecky Militärdekan Karl Gindl (Militätpfarre 4 beim Militärkommando Niederösterreich/Mautern) zu seinem Nachfolger. Mit 1. Oktober 1989 trat dieser seinen Dienst als Generalvikar an.

Militärbischof Dr. Alfred Kostelecky war neben seinem besonderen Engagement in kirchenrechtlichen Fragen (hier sei besonders auf die Verhandlungen mit der österreichischen Bundesregierung über das Konkordat hingewiesen) auch der Kirchengeschichte und der Tradition verbunden, wie seine zahlreichen Funktionen deutlich machten. Ihm war es immer wieder ein Anliegen, historische Bezüge aufzuzeigen und die Verbindung zur Gegenwart herzustellen. So wirkte er maßgeblich daran mit, daß das seinerzeitige Bistum Wr. Neustadt, das 1783 aufgehoben worden war, zum Titularbistum wurde. Papst Johannes Paul II. kam dann am 10. Februar 1990 seinem Wunsch nach, auf dieses Bistwn transferiert zu werden.

Somit war in seiner Person gleichsam jene Verbindung wiederhergestellt, die zwischen dem ersten Apostolischen Feldvikar der kaiserlichen Armee, Dr. Johann Heinrich von Kerens, und dem Bistum Wr. Neustadt bestanden hatte.

In die Amtszeit von Militärbischof Dr. Kostelecky fallen die Errichtung von zwei Militärpfarren, die Teilrestaurierung der St. Georgs-Kathedrale in der Wiener Neustädter Burg und die Generalsanierung der Kirche St. Johann Nepomuk im ehemaligen Militär-Invalidenhaus in Wien/Hietzing.

Erstmals wurde im Dezember des Jahr 1988 durch Bundesminister Dr. Lichal ein grundlegender Erlaß über die "Besonderheiten des Dienstes für Angehörige religiöser Minderheiten" (in erster Linie für Muslime und Juden) verfügt. Waren die bisher ergangenen Regelungen religiöser Angelegenheiten fast ausschließlich für christliche Soldaten bestimmt, so wurde nun für Gläubige anderer staatlich anerkannter Religionsgemeinschaften eine Regelung ihrer religiösen Praxis während ihres Dienstes im Bundesheer erlassen.

Im Jahr 1990 erfolgte die Errichtung einer zweiten Militärpfarre beim Militärkommando Tirol mit Amtssitz in Innsbruck. Am 8. Dezember 1990 wurde erstmals ein Priester auf die Militärdiözese geweiht. Mit 1. Jänner 1992 wurde auf Wunsch von Militärbischof Dr. Kostelecky Militärdekan Mag. Christian Werner, Militärpfarrer an der Theresianischen Militärakademie, zu seinem Koadjutor ernannt und am 2. Februar 1992 in der St. Georgs-Kathedrale zum Bischof geweiht.

Aufgrund des Codex Iuris Canonici hat der Bischofskoadjutor auch die Funktion des Generalvikars auszuüben. Nach der Ruhestandsversetzung von Militärgeneralvikar Gindl mit 30. Juni 1992 nahm Bischof Mag. Christian Werner dann diese Funktion alleine wahr.

Am 22. Februar des Jahres 1994 starb Militärbischof Dr. Kostelecky und wurde gemäß seiner Verfügung in der St. Georgs-Kathedrale in Wr. Neustadt beigesetzt.