1997 bis 2015
 
Priesterweihe am 29. Juni 1977 in St. Pölten. Konsekriert am 2. Februar 1992 in der St. Georgs-Kathedrale zu Wr. Neustadt.
Zum Titularbischof von Eca und Bischofskoadjutor ernannt am 9. Jänner 1992.
Militärordinarius seit 22. Februar 1994.
Transferiert zum Titularbischof von Wr. Neustadt am 11. Oktober 1997.

Kindheits- und Jugendzeit in Wien, Pflicht- und Realschule in Wien, Reifeprüfung Juni 1962. 1963 Präsenzdienst beim Österreichischen Bundesheer, Maturanten-Kompanie in Salzburg/Glasenbach, Ausbildung zum Reserveoffiziersanwärter. Dreijährige Ausbildung zum Berufsoffizier, ausgemustert zum Leutnant des Truppendienstes im September 1967 an der Theresianischen Militärakademie zu Wiener Neustadt.

Nach der Ausmusterung Erzieheroffizier bei den Zöglingen des Militärrealgymnasiums an der Theresianischen Militärakademie zu Wiener Neustadt. Während dieser Zeit Beginn des Theologiestudiums. Fortsetzung des Studiums im Priesterseminar St.Pölten.

Priesterweihe am 29. Juni 1977 durch Diözesanbischof Dr. Franz Zak. Nach der Priesterweihe 3 Jahre Kurat im Dom zu Wiener Neustadt. 1980 Wiedereintritt in das Österreichische Bundesheer als Militärseelsorger beim Militärkommando Niederösterreich in St. Pölten. Von 1. Jänner 1986 bis 30. Juni 1992 Militärpfarrer an der Theresianischen Militärakademie und der Garnison Wiener Neustadt. Lehrtätigkeit an der Theresianischen Militärakademie im Unterrichtsgegenstand „Lebenskundlicher Unterricht“ und beim Schulbataillon (BRG und BORG) als Religionslehrer.

Am 2. Februar 1992 Weihe zum Bischofskoadjutor des Ordinarius der Militärdiözese Österreich, Dr. Alfred Kostelecky. Ernennung am 1. Juli 1992 zum Militärgeneralvikar des Österreichischen Bundesheeres. Am 22. Februar 1994 verstirbt Militärbischof Dr. Alfred Kostelecky. Bischofskoadjutor Mag. Christian Werner wird, aufgrund des Kanonischen Rechtes der Nachfolge, mit selbem Datum Militärordinarius der Republik Österreich.

Kanonische Besitzergreifung der Militärdiözese am 25. Juli 1994 in der Kathedralkirche St.Georg zu Wiener Neustadt. Am 11. Oktober 1997 erfolgt die Ernennung zum Titularbischof von Wiener Neustadt (zugleich Transferierung von Eca).

Der Jurisdiktionsbereich des Militärbischofs erstreckt sich entsprechend der Apostolischen Konstitution „Spirituali Curae Militum“ vom 21. April 1986 und den am 30. März 1989 erlassenen „Statuten des Militärordinariates der Republik Österreich“ auf alle Angehörigen des Österreichischen Bundesheeres und der Heeresverwaltung sowie deren Familienangehörige und auf Präsenzdiener während ihres Wehrdienstes.

Aufgaben in der Bischofskonferenz: Referate: Pastoral bei Bahn und Post, Exekutivseelsorge, Katholische Männerbewegung Österreichs (KMBÖ), Ordensgemeinschaften (gemeinsam mit Bischof Dr. Ludwig Schwarz SDB). Kontakt: Katholische Medienakademie (KMA).
Auszeichnungen:

•   30. April 1990; Goldenes Ehrenzeichen für Verdienste um die Republik Österreich

•   9. Oktober 1995; Goldenes Komturkreuz mit Stern des Ehrenzeichens für Verdienste um das Bundesland Niederösterreich

•   27. Februar 2007; Großes Goldenes Ehrenzeichen mit dem Stern für Verdienste um die Republik Österreich

•   9. Dezember 2010; Überreichung der „Flamme des Friedens“ durch Präsidentin des Vereins zur Förderung des Friedens, Mag. Herta Margaret Öfferl, und Herrn Dipl.Ing. Sandor HABSBURG-LOTHRINGEN in der Kaserne Mistelbach.

•   3. November 2011; „Goldene Marinekreuz VIRIBUS UNITIS mit Stern“ vom Österreichischen Marineverband (ÖMV)

•   16. April 2015; Annahme des Rücktrittsgesuches durch Papst Franziskus.

Seit 22. Februar 1994 Leitung der Katholischen Militärseelsorge in Österreich mit ihren rund 130.000 Angehörigen (Soldaten und deren Angehörige) in 3 Dekantspfarren, 19 Militärpfarren (davon 3 in UNO-Einsätzen: AUSBATT/UNDOF in Syrien, AUCON/KFOR im Kosovo, AUCON/EUFOR in Bosnien), samt „Arbeitsgemeinschaft Katholischer Soldaten“.

Mitglied der Österreichischen Bischofskonferenz seit Februar 1992, mit Beauftragung der Referate: Katholische Männerbewegung Österreich, Exekutive, Katholische Medienakademie, Bahn und Post, Ordensgemeinschaften.

Ernennung durch Papst Johannes Paul II. zum Mitglied des „Ufficio Centrale di Coordinamento Pastorale degli Ordinariati Militari“ (Zentralbüro für pastorale Koordination der Militärordinariate) in Rom im Februar 2003. Teilnahme der Militärbischöfe – international – an gemeinsamen Besprechungen und Konferenzen.

Gründung des „Instituts für Religion und Frieden beim Militärbischofsamt“ im Jänner 1997, welches sich mit Fragen der ethischen und religiösen Dimensionen der Sicherheits- und Friedenspolitik beschäftigt: Österreich-bezogen, Europa-bezogen und weltweit. Schriftliche Beiträge darüber finden sich in der quartalsmäßig erscheinenden Broschüre „Ethica“.

Seit dem Jahr 1994 Jahren, nach dem Krieg in Bosnien, Partnerschaft mit der Pfarre STUP/Vorort von Sarajevo auf Initiative von Militärbischof Werner: Finanzierung des Aufbaus der bis auf die Grundmauern zerstörten internationalen Wallfahrtkirche Stup. Einrichtung der Kirche und Ausstattung mit Intarsienarbeiten (Hauptaltar, Seitenaltäre, Gemälde) durch die künstlerische Gestaltung eines Vizeleutnants; mit Hilfe von SFOR-Soldaten und Soldaten des österreichischen Bundesheers. Militärpilgerfahrt unter der Leitung von Militärbischof Werner, sowie Beteiligung der „Arbeitsgemeinschaft Katholischer Soldaten“ nach Stup im Mai 2004.

Beitrag zum Wiedererrichtung der im Bürgerkrieg 1992 zerstörten Pfarrkirche in KUPRES/Bosnien durch Stiftung einer „Friedensglocke“, als Beitrag zum Mitteleuropäischen Katholikentag. Einweihung im Mai 2005 in Kupres.

Mitwirkung an der „Wallfahrt der Völker“ in Mariazell im Mai 2004 (im Rahmen des Mitteleuropäischen Katholikentags: „Christus – Hoffnung Europas“, unter Beteiligung von mehr als 600 Soldaten aus Österreich, Ungarn, Tschechien, Bosnien-Herzegowina, Kroatien, Slowakei, Deutschland. Etwa 500 österreichische Soldaten halfen beim

Aufbau der Infrastruktur am Festgelände Mariazell mit.

Hilfestellung beim Aufbau der katholischen Militärseelsorge in den EU-Beitrittsländern.

Verantwortlich beim Aufbau der „Notfallseelsorge“ in allen Diözesen Österreichs, wie seelsorgliche Betreuung durch katholische Seelsorger bei bzw. nach Katastrophenfällen.

Aufbau seit 1994 der Seelsorge für Beamte der Exekutive, österreichweit: Symposien, Arbeitskreis Exekutive.

Katholische Medienakademie: Ausbildung in Seminaren zu Jounalisten. Seit März 1993 deren Referatsbischof.

Katholische Männerbewegung Österreichs. Seit November 1992 deren Referatsbischof. Jährliche „Sommerakademie der KMBÖ“, Männerwallfahrten, jährliche „Romero-Preisverleihung“.

Unterstützung des „Internationalen theologischen Instituts für Studien zu Ehe und Familie“ in GAMING.

Akademikerhilfe: Mitglied im Kuratorium, zur Unterstützung von Studenten österreichweit. Studentenheime in mehreren Diözesen Österreichs.

Jährliche Feier (Festgottesdienst) zum Weltfriedenstag (jährliche Botschaften des Heiligen Vaters).

Bischöflicher Referent für Jugendfragen (Jugendbischof) von November 1993 bis November 1995.

Betreuung der Ökonominnen der Frauenorden, österreichweit, durch jährliche Studientagungen.

Errichtung „Militärseelsorgehaus“ Wien 13, im Jahr 2006, für Fortbildung der Militärseelsorger auf internationaler Ebene.

Mitarbeit in der Bundesheer-Reformkommission.

Großoffizier des Ordens „Ordo militum Christi“ seit Oktober 1997.

Familiar des Deutschen Ordens seit Februar 1992.