1986 bis 1994
 
Am 12. November 1986 ernannte Papst Johannes Paul II. den bisherigen Sekretär der österreichischen Bischofskonferenz, Prälat Dr. Alfred Kostelecky, zum ersten Militärbischof von Österreich. Mit der feierlichen Weihe von Prälat Dr. Kostelecky am 14. Dezember 1986 im Dom zu Stephan in Wien durch Erzbischof Dr. Hans Hermann Kardinal Groer zum Bischof begann ein neues Kapitel in der Geschichte der österreichischen Militärseelsorge.

Mit Antritt seines Amtes als Militärbischof von Österreich begann Dr. Kostelecky das Gesicht der "10. Diözese" schrittweise zu verändern. Der bisherige Militärprovikar Mag. Franz Gruber wurde der erste Generalvikar des Militärbischofs. Nach seinem Übertritt in den Ruhestand mit 31. Dezember 1986 wurde Militärdekan Josef Leban, bisher Militärpfarrer von WIEN, mit 1. Jänner 1987 zu seinem Nachfolger bestellt.

Am 15. April des Jahres 1987 wurde das Militärvikariat in Militärordinariat umbenannt und es wurden durch den nunmehrigen Militärordinarius die für die Verwaltung der Diözese notwendigen Organe und Räte gebildet. Soweit es sich um Funktionen handelte, die durch Laien wahrzunehmen waren, zog der Militärbischof hiefür in erster Linie Angehörige der Arbeitsgemeinschaft Katholischer Soldaten (AKS) heran.

Es galt nun in einer möglichst kurzen Zeit die durch die neue kirchenrechtliche Situation notwendig gewordenen Maßnahmen zu setzen. Zudem waren auch eine Reihe von Personalmaßnahmen vorzubereiten und einzuleiten, um die bereits bestehende Struktur der Militärseelsorge aufrechtzuerhalten und womöglich zu verdichten.

Als Militärgeneralvikar Josef Leban nach langer Krankheit am 3. August 1989 starb, ernannte Militärbischof Dr. Kostelecky Militärdekan Karl Gindl (Militätpfarre 4 beim Militärkommando Niederösterreich/Mautern) zu seinem Nachfolger. Mit 1. Oktober 1989 trat dieser seinen Dienst als Generalvikar an.

Militärbischof Dr. Alfred Kostelecky war neben seinem besonderen Engagement in kirchenrechtlichen Fragen (hier sei besonders auf die Verhandlungen mit der österreichischen Bundesregierung über das Konkordat hingewiesen) auch der Kirchengeschichte und der Tradition verbunden, wie seine zahlreichen Funktionen deutlich machten. Ihm war es immer wieder ein Anliegen, historische Bezüge aufzuzeigen und die Verbindung zur Gegenwart herzustellen. So wirkte er maßgeblich daran mit, daß das seinerzeitige Bistum Wr. Neustadt, das 1783 aufgehoben worden war, zum Titularbistum wurde. Papst Johannes Paul II. kam dann am 10. Februar 1990 seinem Wunsch nach, auf dieses Bistwn transferiert zu werden.

Somit war in seiner Person gleichsam jene Verbindung wiederhergestellt, die zwischen dem ersten Apostolischen Feldvikar der kaiserlichen Armee, Dr. Johann Heinrich von Kerens, und dem Bistum Wr. Neustadt bestanden hatte.

In die Amtszeit von Militärbischof Dr. Kostelecky fallen die Errichtung von zwei Militärpfarren, die Teilrestaurierung der St. Georgs-Kathedrale in der Wiener Neustädter Burg und die Generalsanierung der Kirche St. Johann Nepomuk im ehemaligen Militär-Invalidenhaus in Wien/Hietzing.

Erstmals wurde im Dezember des Jahr 1988 durch Bundesminister Dr. Lichal ein grundlegender Erlaß über die "Besonderheiten des Dienstes für Angehörige religiöser Minderheiten" (in erster Linie für Muslime und Juden) verfügt. Waren die bisher ergangenen Regelungen religiöser Angelegenheiten fast ausschließlich für christliche Soldaten bestimmt, so wurde nun für Gläubige anderer staatlich anerkannter Religionsgemeinschaften eine Regelung ihrer religiösen Praxis während ihres Dienstes im Bundesheer erlassen.

Im Jahr 1990 erfolgte die Errichtung einer zweiten Militärpfarre beim Militärkommando Tirol mit Amtssitz in Innsbruck. Am 8. Dezember 1990 wurde erstmals ein Priester auf die Militärdiözese geweiht. Mit 1. Jänner 1992 wurde auf Wunsch von Militärbischof Dr. Kostelecky Militärdekan Mag. Christian Werner, Militärpfarrer an der Theresianischen Militärakademie, zu seinem Koadjutor ernannt und am 2. Februar 1992 in der St. Georgs-Kathedrale zum Bischof geweiht.

Aufgrund des Codex Iuris Canonici hat der Bischofskoadjutor auch die Funktion des Generalvikars auszuüben. Nach der Ruhestandsversetzung von Militärgeneralvikar Gindl mit 30. Juni 1992 nahm Bischof Mag. Christian Werner dann diese Funktion alleine wahr.

Am 22. Februar des Jahres 1994 starb Militärbischof Dr. Kostelecky und wurde gemäß seiner Verfügung in der St. Georgs-Kathedrale in Wr. Neustadt beigesetzt.

Mai 1969 bis Dezember 1986

Wegen der hohen Arbeitsbelastung des Wiener Erzbischofs Kardinal DDr. König mußte dieser sein Amt als Militärvikar zurücklegen. Papst Paul VI. bestellte mit 8. Mai 1969 Bischof Dr. Franz Zak, Diözesanbischof von St. Pölten, zum neuen Militärvikar. Dr. Zak war der fünfte Bischof der Diözese St. Pölten, der der Militärseelsorge vorstand.

Militärprovikar blieb bis zu seiner Versetzung in den Ruhestand mit 31. Dezember 1969 P. Leo Fritz (+ 23. Februar 1977). Mit 1. Jänner 1970 trat Militärdekan Franz Gruber sein Amt als Militärprovikar an. Am 1. Jänner 1973 wurde die Militärpfarre 5 beim Militärkommando Niederösterreich mit dem Amtssitz in Allentsteig errichtet. Zugleich wurde eine wesentliche Änderung der Kommandostruktur des Bundesheeres vorbereitet: Erstmals sollten die großen Kommanden durch einen dem BMLV unmittelbar unterstellten Führungsstab geführt werden.

Mit 1. Juli 1973 wurde das Armeekommando aufgestellt, das personell großteils aus Angehörigen des früheren Gruppenkommandos I bestand. Die beiden anderen Gruppenkommanden wurden zu Korpskommanden umgegliedert. Mit der Aufstellung des Armeekommandos wurde aus der bisherigen Militärpfarre beim Gruppenkommando I die Dekanatspfarre beim Armeekommando errichtet und mit deren Leitung Militärdekan Msgr. Josef Gaupmann betraut, der damit auch die Funktion des katholischen Armeepfarrers wahrnahm. Die gleiche organisatorische Lösung galt auch für die evangelische Armeepfarre.

Mit Wirkung vom 1. Jänner 1974 wurden dann aus den bisherigen Militärpfarren beim Korpskommando I (Graz) und Korpskommando II (Salzburg) Dekanatspfarren. Die neue Heeresstruktur sah nun die folgende Gliederung vor, der auch die Struktur der Militärseelsorge folgte:

•   Das Armeekommando in Wien mit der Dekanatspfarre beim Armeekommando (der anfänglich die Militärpfarren in Wien und Niederösterreich zugeordnet waren, später dann die Militärpfarren in Wien, an der Theresianischen Militärakademie und an der Heeresunteroffiziersschule).

•   Das Korpskommando I in Graz mit der zugehörigen Dekanatspfarre, dem die Militärkommanden Niederösterreich (mit 5 Militärpfarren), Steiermark und Burgenland unterstellt waren.

•   Das Korpskommando II in Salzburg mit der zugehörigen Dekanatspfarre, dem die Militärkommanden in Salzburg, Kärnten, Oberösterreich, Tirol und Vorarlberg unterstanden. Die seelsorgliche Betreuung des Personals der Fliegerkräfte erfolgte durch die territorial zuständige Militärpfarre.

Im April des Jahres 1974 fanden in Österreich die ersten Pfarrgemeinderatswahlen statt, damit wurden auch im Bereich des Militärvikariates erstmals Militärpfarrgemeinderäte gewählt.

Die Entwicklung des Heeres in der Zeit nach 1973 war geprägt durch das Konzept der "Raumverteidigung". Die erhöhte Bedeutung der Reservetruppen, der "Miliz", sowie die Beteiligung Österreichs an friedenserhaltenden Operationen der Vereinten Nationenen. (ua. durch Stationierung der österreichischen UN-Kontingente auf Zypern und am Golan) fanden auch in der Konzeption der Militärseelsorge ihren Niederschlag. Die Erhöhung der Zahl der Reserveverbände wie auch die Militärseelsorge bei den beiden UN-Kontingenten bewirkten eine verstärkte Einbeziehung von Seelsorgern aus dem zivilen Bereich als Militärseelsorger der Reserve.

Am 28. Oktober 1975 beschloß der Ministerrat nach zehnjährigen Beratungen den "Landesverteidigungsplan", dessen Kernidee die "umfassende Landesverteidigung" bildete. Ziel der militärischen Planungen sollte der Aufbau eines Heeres nach Mobilmachung im Umfang von 300.000 Mann im Jahr 1994 sein. Bischof Dr. Zak erließ im Jahr 1977 die Statuten des "St. Georgs-Orden" als kirchliche Auszeichnung des Militärvikars.

Am 10. August 1983 erließ der Militärvikar eine Verfügung über die Militärseelsorge im Bundesheer. Darin wurden der Jurisdiktionsbereich des Militärvikars, die Aufgaben des Militärprovikars und des Militärvikariates, die Militärpfarren mit ihrem Amtssitz und die wichtigsten Aufgaben der Militärseelsorger dargestellt. In dieser Verfügung wird erstmals parallel zur Bezeichnung "Militärvikar" auch die Bezeichnung "Militärbischof" verwendet.

Im gleichen Jahr trat am 1. Adventsonntag der neue Codex Iuris Canonici in Kraft. Im März des Jahres 1984 wurden zusammenfassende Richtlinien für den "Militärseelsorgedienst im Bundesheer" erlassen, die sowohl für die katholische wie auch für die evangelische Militärseelsorge gelten. Sie behandeln in erster Linie Ziele und Durchführung des Lebenskundlichen Unterrichtes, die seelsorgliche Betreuung sowie organisatorische und administrative Angelegenheiten der Militärseelsorge.

Der Einsatz von Laien in verschiedenen Aufgaben in der Liturgie (z. B. als Lektor, Kommunionspender) sowie in der Unterstützung des Pfarrers in der Pastoral hat nach dem Zweiten Vatikanum zugenommen. In der Militärseelsorge wurde im Jahr 1985 erstmalig ein Pastoralassistent, nämlich Mag. Franz Landerl, Diözese Linz, eingesetzt, der dem Militärvikariat durch die Diözese Linz zur Verfügung gestellt wurde.